Hubert zat zonder club sinds zijn contract bij AA Gent begin deze zomer afliep. De voorbije twee seizoenen kwam hij op uitleenbasis uit voor Moeskroen, waar hij zelfs aanvoerder was.

David Hubert begon in 2008 zijn profcarrière bij Racing Genk. Met de Limburgers won de middenvelder in 2009 de Beker van België en werd hij in 2011 landskampioen. In 2013 verhuurden de Genkenaren hem aan AA Gent, dat hem uiteindelijk definitief aantrok.

In februari 2014 werd Hubert een half jaar uitgeleend aan de Israëlische eersteklasser Hapoel Beer Sheeva, nadien volgde een uitleenbeurt aan Waasland-Beveren. In totaal speelde de tweevoudige Rode Duivel meer dan 200 wedstrijden op het hoogste niveau in België.