De kliniek werd in 1917 door de Duitsers bezet. Twee jaar later was alles als voorheen. Onder impuls van Prof. Dr. J. Sebrechts, chirurg, werd de dienst heelkunde daar ingericht en de patiënten werden verzorgd door zusters van Sint-Jan. Door WO II kon de nieuwe heelkundige dienst pas in 1947 worden geopend. Het Sint-Janshospitaal en de Minnewaterkliniek waren zowel ondergronds als bovengronds (brug over Zonnekemeers) met elkaar verbonden.