28 mei 1940 overgave leopold III Vanaf 25 mei en zelfs al vroeger wisten de koning, en ook de regering, dat ze onder de voet zouden worden gelopen door het Duitse leger. Het enige wat nog telde was nog enkele dagen stand te houden, teneinde de evacuatie van de geallieerde legers mogelijk te maken. Om hierin te helpen liet men grote delen van de Westhoek onder water lopen om zo de opmars van de Duitse troepen te hinderen. De koning spande zich in om de geallieerden duidelijk te maken, als ze dit niet uit zichzelf wisten, dat het uur van de capitulatie van de Belgische troepen snel naderde. Onmiddellijk na die capitulatie werd door de Britse maar vooral door de Franse overheid geprotesteerd dat ze onverwacht was gekomen en ze hierdoor schade hadden geleden. Achteraf bleek dit onjuist te zijn, want de signalen waren talrijk geweest: Op 24 mei schreef Leopold een brief naar de koning van Engeland, waarin hij duidelijk liet weten dat voor het Belgisch leger de strijd ten einde liep. Via admiraal Roger Keyes, de speciale gezant van de eerste minister Winston Churchill, verwittigde hij deze in dezelfde zin. De Franse generaal Champon en de Britse kolonel Davy die bestendig op het Belgische hoofdkwartier aanwezig waren, kenden de hopeloze toestand waarin het leger zich bevond en berichtten hierover aan hun respectieve chefs. Op 26 mei ontving de koning de generaals Champon en Blanchard en gaf hen een boodschap mee voor opperbevelhebber Maxime Weygand, die meldde dat de grenzen van het weerstandsvermogen bereikt waren. Leopold achtte de capitulatie onvermijdelijk om een grote slachting onder de Belgische soldaten en onder de massa in West-Vlaanderen toegestroomde vluchtelingen te vermijden. Een groot deel van de Belgen volgde hem in die gedachtegang en rond zijn persoon ontstond een ware cultus. Nadat tot capituleren besloten was werd nog een aantal uren gewacht, om nog een laatste respijt te geven voor de evacuatie van de Engelse troepen in Duinkerke. De wapens werden neergelegd op 28 mei om 4 uur. In de loop van de voormiddag namen de Duitsers de stad Brugge in en meldden zich aan op de residentie van de gouverneur, waar de koning verbleef. Hij werd in de nacht van 29 mei onder militair escorte naar Laken gevoerd. Nu de koning in handen was gevallen van de vijand en onder huisarrest in het kasteel van Laken verbleef ontnam de ministerraad hem zijn grondwettelijke bevoegdheden, op basis van artikel 82 van de Grondwet: de koning "verkeerde in de onmogelijkheid om te regeren". De grondwet voorzag in dit geval de bijeenroeping van de verenigde kamers, die een regent moesten aanduiden. Aangezien ook dit onmogelijk was besliste de regering dat zij de volheid van de grondwettelijke bevoegdheden op zich nam. Naar de buitenwereld werd de verantwoordelijkheid van de gerezen toestand op de koning gelegd. Pierlot zei in een radioboodschap: "Geen enkele houding van de koning kan enig effect hebben als die niet door de regering wordt gedekt. Door de band met de bevolking te verbreken, plaatst de koning zich onder het gezag van de bezetter. Hij is bijgevolg niet meer in staat te regeren, want de functie van staatshoofd kan niet worden uitgeoefend onder controle van de bezetter. In afwachting zal de grondwettelijke macht van de koning worden uitgeoefend door de regering, verenigd in raad en onder haar verantwoordelijkheid worden uitgeoefend."
"Op het laatste moment toen de invasie van België al een feit was, riep Koning Leopold ons om hulp en zelfs op dit laatste moment kwamen we. Hij en zijn dapper, efficiënt leger, bijna een half miljoen man sterk, beschermden onze linkerflank en hielden zo onze terugweg naar de zee open. Plotseling, zonder voorafgaand overleg, met zo min mogelijk waarschuwing, zonder advies van zijn ministers en op zijn eigen persoonlijk initiatief, zond hij een bericht naar het Duitse opperbevel, waarin hij de overgave van zijn leger betekende en onze hele flank en onze terugtocht in gevaar bracht."
De Britse pers noemde hem de "Koning Verrader" en "Koning Rat". De Daily Mirror drukte zijn portret af met onderschrift "Het gezicht dat elke vrouw nu veracht". Belgische vluchtelingen in Parijs plaatsten bij het standbeeld van koning Albert een bericht "uw onwaardige opvolger". De Britse historicus Sir Basil Liddell Hart noemde de beslissing van Leopold nochtans eervol. De Franse premier Paul Reynaud beschuldigde Leopold van verraad. Leopold was de zondebok geworden, omdat Reynaud besefte dat ook de Slag om Frankrijk verloren was. Een koning kon door het republikeinse Frankrijk verantwoordelijk gesteld worden voor het eigen falen. Uiteraard had de breuk tussen de koning en zijn regering het gemakkelijker gemaakt om hem als schuldige aan te wijzen. Dat ook de Belgische regering hem met de vinger wees en dat op 31 mei in Limoges de aanwezige parlementsleden dit onderschreven, deed Leopold beslissen alle contacten met de regering af te breken. Hij zou dit in de volgende oorlogsjaren consequent doorzetten.
Toen Leopold III van Brugge naar Brussel werd gevoerd en in het paleis van Laken aankwam, waren er al meldingen dat een gesprek met Hitler zeer binnenkort te verwachten was. Op 31 mei meldden twee gezanten van Hitler zich aan in Laken (staatsminister Otto Meissner en dokter Karl Gebhardt) met een uitnodiging voor de koning om de Führer te ontmoeten. Het antwoord van de koning luidde dat hij de uitnodiging aanvaardde, maar op voorwaarde dat de ontmoeting incognito gebeurde. Generaal Van Overstraeten en ook Hendrik De Man schreven dat de koning uitgeput was en erg tegen een confrontatie met Hitler opzag. Op 4 juni antwoordde Hitler dat hij zich over de principiële aanvaarding verheugde, maar dat hij het incognito onmogelijk achtte. Hij zou er later op terugkomen, wanneer de militaire operaties in Frankrijk achter de rug waren. Op 26 juni, na de wapenstilstand in Frankrijk, bevestigde Leopold aan zijn bewaker kolonel Werner Kiewitz dat hij bereid bleef Hitler te ontmoeten (zonder nog aan de voorwaarde van incognito te houden) en verzocht hem dit door te seinen. Nu was het Hitler die weigerde. In zijn instructies van 11 juli 1940 over België werd geen rol meer voorzien voor de koning en werd het toekomstig lot van het land onbeslist gelaten. Als er vanuit de omgeving van de koning nog vragen zouden komen over de toekomst van België, moest daar 'dilatorisch' op geantwoord worden. Begin oktober 1940 verbleef prinses Marie-José gedurende drie weken bij haar moeder en broer in Brussel. Vandaar vertrok ze naar Duitsland en op 17 oktober ontmoette ze er Hitler, tot wie ze relatief gemakkelijk toegang had. Ze vroeg opnieuw een onderhoud Hitler-Leopold aan. Hitler ging op het verzoek in en liet enkele dagen later weten dat hij de koning zou ontmoeten op 27 oktober 1940 in het station van Yvoir, in de trein waarmee hij door België reed, bij terugkeer uit Frankrijk. De afspraak werd echter te elfder ure afgezegd, omdat Hitler dringend naar Florence afreisde voor een ontmoeting met Benito Mussolini. Een nieuwe datum werd voorgesteld, die deze keer werd gehonoreerd: 19 november 1940, met als plaats van het onderhoud Hitlers Berghof bij Berchtesgaden. Zowel de koning als de Führer wisten dat van politieke onderhandelingen geen sprake kon zijn, maar de drie punten die de koning wilde bespreken lagen er toch dichtbij. Hij wilde het met name hebben over: 1.de terugkeer van de Belgische krijgsgevangenen naar België, 2.de verbetering van de voorwaarden voor voedselbedeling (de rantsoenering zat onder het peil van Frankrijk en Nederland), 3.de mogelijkheid tot behoud van de Belgische onafhankelijkheid in een door Duitsland gedomineerd Europa. Het gesprek was georganiseerd door generaal Raoul Van Overstraeten, militair raadgever van Leopold. Aanwezig waren Hitler, Leopold en professor Schmidt, tolk van Hitler.Het gesprek leverde geen resultaat op, want zelfs de vage beloften van Hitler over humanitaire kwesties kregen geen gevolg. Wat
betreft het politieke gesprek wisten beiden dat het onmogelijk om onderhandelingen kon gaan betreffende het toekomstig lot van België. Zelfs de door Leopold verhoopte verklaring die de toekomstige onafhankelijkheid van België zou hebben gegarandeerd kwam er niet. De door officieren opgerichte eerste verzetsgroepen in België wekten argwaan op bij de regering in Londen. Niet alleen waren ze zeer trouw aan de koning, die ze als hun echte chef beschouwden, maar ze sympathiseerden ook met politieke plannenmakers van uiterst rechtse strekking. Ze waren de regering in ballingschap zeker niet genegen. De Britse SOE zag dat anders en wilde graag samenwerken met de lokale verzetsbewegingen. Vooral het Belgisch Legioen van commandant Claser sprak hen aan. Deze en een paar andere bewegingen zoals Falanx (van majoor De Grunne) en Gereconstrueerd Belgisch Leger (van kolonel Lentz) bestonden hoofdzakelijk uit Belgische officieren, die al dan niet ondergedoken leefden. De Britten zette dan ook de Belgische regering onder druk het verzet in België te erkennen en te ondersteunen. Dit gebeurde niet zonder problemen, vanwege de bestaande argwaan. De eerste contacten met de naar Londen overgevlogen Claser veranderden daar weinig aan. Het is pas nadat Claser door de Duitsers was opgepakt en kolonel Jules Bastin de leiding nam dat het tij keerde. Het Belgisch Legioen werd vanaf midden 1942 als verzetsbeweging aanvaard. Ze wijzigde haar naam in Geheim Leger. Het vertrouwen in Bastin, een vriend van François De Kinder, de schoonbroer van Pierlot, was groot. Voortaan liepen de contacten direct met de Belgische diensten in Londen en niet meer via de Britse SOE zoals voorheen. De Belgische regering gaf voortaan opdrachten en verstrekte financiën en wapens. De koning bleef op de hoogte van de verzetsactiviteiten via generaal Van Overstraeten, die nauwe contacten had met verzetslui. Het belette niet dat de koning terughoudend bleef tegenover militaire verzetsacties, die volgens hem te veel offers zouden eisen, zowel tijdens gevechten als tijdens de represailles die er zouden op volgen.