In 1985 begon de herbouw van de historische reconstructie van de Batavia. Onder leiding van scheepsbouwmeester Willem Vos is in Lelystad door een wisselende groep jongeren aan het schip gewerkt. Uitgangspunt was een zo authentiek mogelijke reconstructie, met gebruikmaking van oorspronkelijke materialen en volgens een ambachtelijk bouwproces.

Voor de reconstructie van de Batavia is gebruik gemaakt van tal van historische bronnen, zoals archiefstukken, 17de-eeuwse bouwbeschrijvingen, prenten, schilderijen enzovoort. Ook scheepswrakken, zoals dat van de Vasa in Stockholm en de Batavia in het West-Australian Maritime Museum in Fremantle, Australië, waren van groot belang.

In 1995 was de Batavia klaar. Het schip is toen te water gelaten en door Koningin Beatrix officieel 'Batavia' gedoopt. Het schip is eigendom van en in beheer bij de Bataviawerf in Lelystad. Het schip is dagelijks te bezichtigen. Er worden geregeld speciale activiteiten op en bij het schip georganiseerd zoals kanonschieten, kindermiddagen en ambachtelijke demonstraties.

In 2000 bracht de Batavia een bezoek aan Sydney, Australië. Sinds 12 juni 2001 bevindt het schip zich weer in de vaste thuishaven Lelystad en daar is het dagelijks te bezichtigen voor bezoekers van de Bataviawerf.
Bezoekers worden rondgeleid over het schip, maar kunnen desgewenst ook op eigen gelegenheid ronddwalen over de dekken en zich éven thuisvoelen in de 17de eeuw.