Lillo ('Linlo', 'Lindlo') zou zijn naam ontleend hebben aan de plaats waar de eerste hoeve gestaan heeft, op een hoger gelegen grond, met name 'Lindelo ter hoeve' of afgekort 'Linlo' zoals het in 1210 nog werd geschreven en waarvan de huidige benaming werd afgeleid. Het Germaanse woorde Li,ndo betekende lindeboom en het eveneens Germaanse lauha 'bosje op hoge zandgrond'.

Lillo-Fort heeft in het verleden een belangrijke militaire rol gespeeld. De Noormannen hadden er reeds in de negende eeuw een versterking. Het Fort van Lillo werd gebouwd in 1573 door Antwerpenaren onder Spaans bewind als bastion ter verdediging van Antwerpen en de Schelde.

In 1584 werd de vesting uitgebouwd naar een plan van Willem de Zwijger. De vesting weerstond aan de troepen van Parma die toen Antwerpen belegerden en die de dijken van de Schelde doorstaken en zo een overstroming veroorzaakten die Lillo ongeveer zestig jaar lang onder water zette.

In de loop der geschiedenis onderging dit bolwerk nog vele veranderingen. In 1747 werd het fort bezet door de Fransen, om daarna in Oostenrijkse handen te komen. In 1794 ging het weer over naar de Fransen en tenslotte naar de Hollanders, tot 1839.

Wat het Fort van andere versterkingen onderscheidde, was de aanwezigheid van een burgerlijke vestiging. In 1830 waren er 34 burgerhuizen met 128 inwoners.

In 1958 wordt Lillo eveneens bij Antwerpen aangehecht. Lillo-Kruisweg en Oud-Lillo werden volledig onteigend voor de havenuitbreiding en verdwenen definitief, enkel Lillo-Fort bleef bestaan met nog amper een 30 tal inwoners