De voortplanting vindt plaats in het water, er is vaak geen inwendige maar een uitwendige bevruchting. Bij watersalamanders vindt er vooraf een balts plaats waarbij het mannetje het vrouwtje het hof maakt. Dan zet het mannetje pakjes zaadcellen af, de spermatoforen, die het vrouwtje in haar cloaca opneemt. Ook veel andere salamanders kennen deze manier van paring. Veel kikkers en padden kennen een amplexus; een urenlange tot soms wekenlange omstrengeling van een koppeltje. Bij de kikkers zit het vrouwtje onderop en het mannetje, die vaak veel kleiner blijft, bovenop. Als het vrouwtje eitjes afzet op waterplanten, bevrucht het mannetje deze met zijn sperma.

Alle amfibieën zijn eierleggend, de eitjes worden niet zelden in grote groepen afgezet (kikkerdril) en hebben nooit een harde schaal maar een meer geleiachtig omhulsel. In principe zijn amfibieën landdieren maar ze zijn voor hun voortplanting van water afhankelijk. De eieren worden in water afgezet en van daaruit doorlopen ze eerst in een larvestadium waarin ze op een visje lijken; een langwerpig lichaam met een bolvormige 'kop' en een hoge, afgeplatte staartvin. Kikker- en paddenlarven hebben geen pootjes als ze net uit het ei kruipen, de larven van salamanders wel. Langzaam groeit de larve naar een volwassen vorm; de poten groeien, de longen ontwikkelen zich en de kieuwen en de staart verdwijnen. Er zijn echter uitzonderingen; sommige soorten salamanders zoals de vuursalamander zijn eierlevendbarend; de jongen brengen het larvestadium in het moederdier door en eten elkaar in de tussentijd soms zelfs op. Bepaalde kikkers en salamanders (sommige schuimnestkikkers en alle grottensalamanders) kennen geen aquatisch larvestadium, ze leggen de eitjes op een vochtige plek en als deze uitkomen, kruipen direct kleine kikkertjes uit het ei.

Verschillende diersoorten kunnen zich over het algemeen niet makkelijk kruisen, maar bij de amfibieën is hybridisatie vrij normaal, dit geldt voor zowel kikvorsachtigen als salamanders. Enkele soorten bestaan volledig uit vrouwtjes, die zich maagdelijk voortplanten (parthenogenese). Dit heeft al tot veel vergissingen en onduidelijkheid geleid bij de indeling van sommige amfibieën.

foto: kikkerdril