Het "onrustbarende drankmisbruik en de gevolgen daarvan na sportwedstrijden op zondag" brachten enkele leden van een Apeldoornse geheelonthouderszangvereniging ertoe om een geheelonthouders-voetbalvereniging op te richten. Zo ontstond op 25 februari 1913 de v.v. AGOSV: de Apeldoornse GeheelOnthoudersvoetbalvereniging "Steeds Voorwaarts". Na de eerste successen veroverde de vereniging een plaats in de Gelderse Voetbal Bond, waarin reeds een vereniging met de naam "Steeds Voorwaarts" speelde. Dit noopte de vereniging tot wijziging van de naam in AGOVV: Apeldoornse GeheelOnthouders VoetbalVereniging.

De vereniging groeide als kool en via het kampioenschap van de 1e Klasse van de GVB werd promotie naar de 3e Klasse van de Nederlandse Voetbal Bond behaald en een seizoen later al promotie naar de 2e Klasse NVB. Toen volgde er door de naoorlogse perikelen, een stap op de plaats. Wel werd in het seizoen 1921-1922, na de verhuizing naar de huidige locatie Sport-park Berg en Bos in augustus 1921, het kampioenschap van de 2e Klasse NVB behaald, doch de promotiewedstrijd tegen Enschedese Boys ging verloren en de vereniging moest wachten tot het seizoen 1925-1926.  Daarin werd tegen de plaatselijke concurrent Robur et Velocitas de titel gepakt en kregen de tegenstanders in de promotiewedstrijden, Rigtersbleek en Hengelo, geen schijn van kans.

Inmiddels was in 1925 de huidige tribune op het hoofdveld in gebruik genomen en was in 1919 het "geheelonthoudersprincipe" verlaten. De aanwas van nieuwe leden stagneerde binnen de kring van geheelonthouders. En daardoor tevens de ook toen reeds geldende doelstelling van de vereniging om op het hoogste niveau mee te doen. Om deze reden nam de ledenvergadering toen, min of meer tegen de zin van het bestuur, het besluit om ook leden, die dat principe niet zo nauw namen, aan te nemen. En zo kon de vereniging sterker dan voorheen doorgroeien. De naam kon echter niet worden gehandhaafd en vanaf dat moment ging de vereniging verder onder de naam: Alleen Gezamenlijk Oefenen Voert Verder, hetgeen tot op de dag van vandaag nog de betekenis is van AGOVV. Maar ook de (bij)naam "De Blauwen" wordt nog steeds gehanteerd.

Met het bereiken van de 1e Klasse brak er een, wat prestaties betreft, langdurige "gouden periode" aan. Reeds in het eerste seizoen werd volop meegedaan om de titel, die in de laatste wedstrijd echter naar ZAC uit Zwolle ging. In het seizoen 1927-1928 speelt men in de Eerste Klasse Oost onder andere tegen Vitesse Arnhem, Go Ahead Deventer en Heracles Almelo. De eerste seizoenen wordt de club nog aangeduid met punten tussen de letters. Debutant A.G.O.V.V. maakt meteen indruk door slechts één punt achter de twee koplopers te eindigen.

AGOVV wordt in 1928 leverancier aan het Nederlands Elftal. De eerste AGOVV-er die voor Oranje speelt is Jo Kluin (het kanon van het oosten) die op 1 april 1928 uitkomt tegen België. Kort daarop wordt ook Gep Landaal uitgekozen voor het Nederlands Elftal.
In 1931 wordt een nieuw clubhuis in gebruik genomen. Daarna werden de sportieve resultaten wat minder tot het seizoen 1937-1938. In dat seizoen plaatste AGOVV zich door een overwinning met 7-0 op Helmondia voor de eindstrijd om de nationale beker. Daarin werd op het UVV-terrein in Utrecht echter met 4-1 verloren tegen VSV uit Velsen.

Het seizoen 1939-1940 leverde, na Heracles, een tweede plaats op en in het seizoen 1940-1941 ontsnapte de vereniging, door de oorlogsomstandigheden, ternauwernood aan degradatie. Het seizoen daarop bracht de vereniging, ondanks de toen al zwaar gedrukte sfeer, toch de nodige vreugde. In een beslissingswedstrijd voor 16.000 toeschouwers werd op het terrein van Go Ahead in Deventer met 1-1 gelijk gespeeld tegen het Nijmeegse Quick en dat leverde AGOVV, dankzij een beter doelgemiddelde, voor het eerst in haar geschiedenis de Oostelijke titel op. In de strijd om de Landstitel verloor AGOVV uiteindelijk tegen mede-koploper ADO in Den Haag met 5-2. De belangstelling voor dit treffen was zo groot, dat enige dagen voor de wedstrijd er al 50.000 aanvragen voor kaarten binnen waren. De daarop volgende 2 competities leverden AGOVV beide een 2e plaats op.

Inmiddels deed AGOVV ook mee aan het toernooi om de AROL-beker. Oorspronkelijk georganiseerd in 1923 door het Amsterdamse AFC als voorafje aan het seizoen. De beker is vernoemd naar A.R.O. (Anton Rudolf Onslow) van Lier. Eerst deden enkel Amsterdamse clubs mee, zoals Ajax, Blauw-Wit en Zeeburgia, maar later deden ook andere clubs mee. Zo ook AGOVV en Robur et Velocitas. Drie keer in de historie werd de finale gehaald. In 1943 verloor AGOVV van AFC met 2-0, een jaar later met 1-0 van HBS. In 1946 werd LONGA dan met 2-0 verslagen en was de AROL-beker voor AGOVV.

Op 25 november 1945 begon, na de bevrijding, de bal weer te rollen in competitieverband en werd AGOVV wederom 2e, nu achter NEC. Het seizoen 1946-1947 was minder succesvol, maar het daaropvolgende seizoen leek aanvankelijk het kampioenschap te brengen, doch een toegewezen protest van Enschedese Boys, een doelpunt van AGOVV zou na het verstrijken van de officiële speeltijd zijn gescoord, gooide roet in het eten. Het seizoen 1948-1949 begon desastreus met 4 geblesseerde spelers in de eerste wedstrijd tegen NEC. Uit de eerste 4 wedstrijden werden slechts 2 punten gehaald, doch toen begon het herstel en werd uiteindelijk, voor de 2e keer in het bestaan, de Oostelijke titel gewonnen.
En weer werd de Nationale titel op het nippertje verspeeld door een 1-0 nederlaag tegen SVV in een uitverkocht Feyenoord-stadion. Een enorme domper op het kampioenschap was de felle brand, die in de nacht van 12 op 13 juni 1949 het gehele clubhuis volledig in de as legde. Daarbij ging tevens veel archiefmateriaal verloren, alsmede talrijke waardevolle trofeeën. Doch slechts anderhalf jaar later, op 23 december 1950, werd onder enorme publieke belangstelling alweer het nieuwe clubhuis in gebruik genomen, hetgeen een bewijs van grote saamhorigheid mag heten. Na nog enige seizoenen met wisselend succes in de 1e Klasse te hebben gespeeld, werd op 25 juli 1954 door ruim 80% van de aanwezige leden aan de buitengewone ledenvergadering het besluit genomen om zowel met het eerste als het tweede elftal deel te nemen aan het betaalde voetbal. Voor de fusie van de KNVB met de "wilde bond" NBVB was ons eerste reeds aan de nieuwe competitie begonnen met als resultaat na tien wedstrijden het herfstkampioenschap. Dit leverde echter niets op, omdat er werd begonnen aan een nieuwe competitie, die ons een 12e plaats opleverde, hetgeen niet voldoende was voor een plaats in de nieuw gevormde Hoofdklasse, die 2 jaar later werd omgedoopt tot Eredivisie. Na enige jaren met wisselend resultaat in de 1e Klasse en vanaf het seizoen 1956-1957 in de 1e Divisie te hebben gespeeld, met als hoogtepunten twee maal een derde plaats, besloot de KNVB om voor het seizoen 1962-1963 één 1e Divisie te vormen met daaronder één 2e Divisie.

Voor een plaats in de nieuwe 1e Divisie zou een plaats bij de eerste zeven nodig zijn en na veel spanning eindigde AGOVV op de achtste plaats en degradeerde aldus naar de nieuwe 2e Divisie. In de seizoenen 1962-1963 en 1964-1965 werd nog twee maal een 2e plaats behaald, doch in meerderheid bevonden we ons in de onderste regionen van de ranglijst. Tot het seizoen 1970-1971. Door de slechte resultaten was de financiële situatie precair geworden en toen er wederom werd gesaneerd, was er voor AGOVV geen plaats meer in het Betaalde Voetbal. Dit ondanks de geweldige steun van de Apeldoornse bevolking, doch zowel de lokale politiek als het Apeldoornse bedrijfsleven lieten het volledig afweten. Terug naar de 3e Klasse van de amateurs. De vereniging lag, plat gezegd, op haar kont. Te veel aandacht was er de laatste jaren naar het betaalde voetbal gegaan, waardoor vele voetballende amateurleden waren afgehaakt. Met veel pijn en moeite konden er 6 teams voor de competities worden ingeschreven. Veel tijd moest er worden gestoken in het opzetten van een nieuwe organisatie, die echter ook niet kon voorkomen, dat in het seizoen 1975-1976 zelfs degradatie naar de 4e Klasse plaats vond. Nadat er enige jaren zonder al te veel overtuiging en structuur heen en weer was geschommeld tussen de 2e en de 4e Klasse, namen enige leden in 1985, toen inmiddels weer eens de 2e Klasse was bereikt, het voortouw en presenteerde aan de Ledenvergadering een Beleidsplan, dat AGOVV weer aan de top van het amateurvoetbal moest brengen.

Dit beleidsplan werd met algemene stemmen aangenomen en vanaf die tijd kwam er weer leven in de vereniging. Dit resulteerde, uiteraard met de nodige moeilijkheden en strubbelingen, uiteindelijk in een plaats in de Hoofdklasse op dit moment. De vereniging heeft weer een herkenbare structuur en alle neuzen staan dezelfde kant op.

In het seizoen 1997-1998 heeft er een bestuurswisseling plaatsgevonden. Het oude bestuur heeft zich vrijwillig teruggetrokken ten faveure van een aantal zakelijke kopstukken uit Apeldoorn en omgeving en heeft zelf grotendeels plaats genomen in een nieuw ingesteld managementteam ter uitvoering van de dagelijkse werkzaamheden. Op een buitengewone Ledenvergadering op 25 februari 1998, op de dag dat AGOVV 85 jaar bestond, heeft de gehele vereniging hiermee unaniem een nieuwe weg ingeslagen, die uiteindelijk zal moeten leiden tot een hernieuwde plaats in het betaald voetbal. De taak van het nieuwe bestuur is om binnen Apeldoorn en omgeving een draagvlak te creëren, zowel binnen de politiek als het bedrijfsleven, om deze in een 5-jarenplan neergelegde doelstelling te realiseren.

2000-2001. Met een grotendeels vernieuwde selectie en een nieuwe coach gaat AGOVV voortvarend van start. Na acht wedstrijden is men ongeslagen en is de Eerste Periodetitel een feit. Meteen daarop komt de klad er in en volgen gelijke spelen en verliesbeurten.

In november maakt de KNVB nieuwe sportieve eisen bekend. Om terug te mogen keren naar het betaalde voetbal stelt de bond als eis dat AGOVV kampioen moet worden van de Hoofdklasse C.

Tijdens de winterstop doet AGOVV verwoede pogingen om enkele (ex)profspelers naar Apeldoorn te halen. Hierin slaagt de club echter niet. Twee professionals die reeds vanaf de eerste speeldag meedoen, Hendrie Krüzen en John Stegeman (allebei afkomstig van Go Ahead Eagles) moeten de kar zien te trekken. Zowaar komt de ploeg de dip van voor de winterstop te boven en keert terug in de top van de Hoofdklasse C. Met het kampioenschap bijna binnen handbereik morst AGOVV echter in de laatste wedstrijden teveel punten en moet HSC'21 en De Treffers voor laten gaan. In een beslissingsduel (op Berg & Bos) pakken de Haaksbergers de titel.

Verbitterd door de gemiste kans wil AGOVV het kampioenschap het komend seizoen afdwingen. Nu of nooit. Tijdens de zomervakantie is er veel bedrijvigheid. Dat werpt vruchten af. Van Willem II komt veteraan Marcel Valk naar Apeldoorn. Vlak nadat hij zijn laatste nacompetitiewedstrijd (scorend) heeft afgewerkt voor Excelsior tekent ook Lopes Monteiro. De grootste verrassing komt uit Amsterdam. Stanley Menzo ziet de ambities van AGOVV wel zitten. Hij komt niet alleen als keeper maar ook als commercieel manager. Nieuwe sponsorcontracten zijn hard nodig om het Betaald Voetbal-avontuur een goede organisatorische en financiële basis te geven.

Nog enkele andere nieuwe spelers worden aan de selectie toegevoegd. Tijdens de eerste oefenwedstrijd tegen Feyenoord (inmiddels al een ware klassieker) is het wederom even wennen voor het publiek, al die nieuwe namen en gezichten. Na afloop van het duel (0-6) heerst echter tevredenheid, want AGOVV blijkt opnieuw sterker geworden. Na een fantastisch seizoen behaalden de Blauwen niet alleen het kampioenschap in de Hoofdklasse C, maar stoomde via het behalen van de titel van de Zondagamateurs door om in de "dubbel" tegen zaterdagkampioen Huizen ook het Algeheel Landskampioenschap binnen te slepen. Een unieke prestatie voor Apeldoorn!

Het seizoen 2002-2003 staat in het teken van gedegen voorbereiding. Terwijl technisch en organisatorisch vooral vooruit wordt gekeken, tracht men sportief een waardig afscheid te realiseren van het laatste jaar in de amateursectie. Maar in de competitie zijn het wederom De Treffers en HSC'21 die de Blauwen overvleugelen. De echte successen liggen dit seizoen in het Amstel Cup toernooi! Na de poulewedstrijden (tegen Heracles Almelo, Stevo en Be Quick'28) schakelt AGOVV in de eerste knockout-ronde Volendam uit. Johan Pater scoort de beslissende 'golden goal'.
In Venlo laat vervolgens VVV zich verrassen. Na 90 minuten prijkt een 1-2 eindstand op het bord. In de achtste finales mogen de Apeldoorners aantreden tegen Feyenoord, in de Rotterdamse Kuip. Het wordt een feest, ondanks dat niemand twijfelt aan de afloop: 43 minuten lang voetbalt AGOVV dapper mee en creëert zelfs nog kansjes. Dan valt het tegendoelpunt toch en is de ban voor de tweede helft gebroken. Vlak voor tijd mag Jurrick Juliana de eer redden met een verdiende goal. Met opgeheven hoofd verlaten de AGOVV-ers het veld.

De ontmoeting met Feyenoord smaakt naar méér: AGOVV wil eigenlijk binnen niet al te lange termijn een vaste waarde worden in de eredivisie. Ambitie en realisme vechten om de bal. Eerst maar eens een licentie binnenhalen! In januari en februari passeert de club enkele ijkpunten die door de KNVB vooralsnog worden beantwoord met groen licht.

AGOVV terug in het betaalde voetbal. Ruim dertig jaar na dato is er veel veranderd, en blijkt ook veel hetzelfde gebleven.
Andere tijden, andere ploegen. Maar dezelfde clubs: in de jaren '50 en '60 speelde AGOVV ook al tegen clubs als Veendam, Haarlem, Vitesse, De Graafschap, Heerenveen, Roda JC en VVV. Oude tijden herleven aldus. Wie het nieuwe stadion betreedt en de clubnamen van toen naast die van de huidige clubs legt, zal de nostalgische en sentimentele indruk niet ontgaan.

De terugkeer van AGOVV in het betaald voetbal is een feit. De eerste wedstrijd op het tot stadionnetje opgewaardeerde sportpark Berg & Bos eindigt echter in een 1-2 verlies. AGOVV komt nog wel op voorsprong, door Klaas-Jan Huntelaar, maar daarna verstoort Top OSS het feestje. Maar AGOVV is terug en daar gaat het om.

In het eerste profjaar van AGOVV Apeldoorn nestelt de club zich keurig in de middenmoot. Het opmerkelijkste wapenfeit is de volle winst tegen de drie Limburgse clubs (MVV, Fortuna Sittard en VVV-Venlo), uit èn thuis. Topscorer Huntelaar speelt zich in de kijker van SC Heerenveen en in de voorbereiding op het tweede betaalde seizoen verruilt ook middenvelder Remon de Vries de Blauwen voor Heracles Almelo, de club van ex-AGOVV'er Peter Bosz.

Ondanks enkele versterkingen speelt de ploeg net zo wisselvallig als in het eerste seizoen. Dit jaar wint het bijna alle thuisduels waar haast alle uitwedstrijden verloren gaan. Het is dan ook mede aan de prestaties van alle andere ploegen te danken dat AGOVV aan het eind van de
competitie wederom keurig in het midden staat.

De ambities van de club reiken echter hoger en men stelt Stanley Menzo (trainer hoofdklasser AFC) aan als opvolger van Jurrie Koolhof (hij vertrekt naar FC Dordrecht). Menzo dus opnieuw aan het roer van AGOVV, ditmaal met zijn juist behaalde diploma Coach Betaald Voetbal op zak.

Langzamerhand nadert ook het moment waarop de club, in samenspraak met de gemeente, beslist waar het nieuwe stadion moet komen. De profclub huurt Berg & Bos immers voor 5 jaar van de amateurs. Het nieuwe stadion moet aanvankelijk een voetbaltempel worden waarbij hoofdsponsor Samsung een multimedia-pretpark wil doen verrijzen.

Het seizoen 2005-2006 verloopt aanvankelijk even wisselvallig als de voorgaande edities. AGOVV is op jacht naar een periodetitel maar elke keer verspelen De Blauwen de kans na een uitstekende start. Als de vierde en vijfde periode zijn vergeven rest AGOVV nog een zware reeks tegen tegenstanders als Excelsior, FC Zwolle en Go Ahead Eagles. 

Op zondagmiddag 26 maart 2006 wint AGOVV Apeldoorn in een uitverkocht Berg & Bos ten koste van streekgenoot Go Ahead Eagles (2-1) de titel in de zesde periode. Een toegangsticket voor de play-offs! Een fantastische prestatie van staf en spelers die op tijd hun zelfvertrouwen hervonden en juist in één van de zwaarste reeks wedstrijden de ene zege na de andere boekten.

Vice-voorzitter Wim van Elswijk in de Stentor: ,,Hoe vaak heb ik niet te horen gekregen: betaald voetbal kan helemaal niet in Apeldoorn. Het is al een keer mislukt. Dezelfde mensen hebben me deze week platgebeld of ik nog aan kaartjes kan komen. Die omslag hebben we binnen!" Feest in een vol stadion. Deelname aan de nieuwe nacompetitie met mogelijkheid tot promotie naar de Eredivisie.

Dat de play-offs voor AGOVV niet het gewenste resultaat oplevert (TOP Oss blijkt sterker), daar ligt geen Blauwe wakker van. Steeds een stapje hoger, groeien en telkens beter worden, dat is immers het streven. En gaandeweg ervaringen rijker worden om uiteindelijk beslagen ten ijs te komen in de Eredivisie.

Het derde seizoen in het betaald voetbal, 2006-2007, staat AGOVV Apeldoorn onder leiding van Rini Coolen. Stanley Menzo kiest voor een uitdaging bij FC Volendam. Na drie seizoenen op nummer 10 te zijn geëindigd, staat Coolen voor de opgave om AGOVV hoger te stuwen.