Het begin
Als je de game begint zie je een professor praten over Pokémon (dit doet je denken aan dat verhaal wat professor Elm je vertelde in G/S). Je ziet een Azurill in beeld en daarna wordt gevraagd of je als een jongen of als een meisje wilt spelen. Als je als een jongen speelt zal het meisje je rivaal worden. Als je als een jongen speelt zal het meisje je rivaal worden. Kies een naam en ga verder (de naam van je rivaal kun je helaas niet kiezen).

Littleroot Town
Hier begint je spel. Je begint het spel in een vrachtwagen en als je eruit komt lijkt het alsof je familie aan het verhuizen is. Een Machoke is dingen aan het verplaatsen en je moeder zegt dat je naar boven moet gaan en een Potion uit je PC moet halen. Ga naar boven en haal de Potion op. Vervolgens kijk je op de klok en stel je de juiste tijd in. Als je dit gedaan hebt zal je moeder je weer naar beneden laten.

Loop eerst je huis uit en ga naar het huis van de professor en loop naar de 2e verdieping. Je rivaal (de zoon/dochter van de professor) vertelt je dat de professor momenteel niet thuis is. Loop vervolgens de stad uit, richting route 101.

Nadat je een poosje rondgelopen hebt zie je de professor die aangevallen wordt door een wilde Poochyena. Hij zal je vragen een Pokéball uit zijn rugzak te halen en hem te helpen. Je ziet 3 Pokéballs liggen. Hierin zitten (hoe kon het ook anders?) de drie starter Pokémon.
Dit zijn: Treecko (het grasstype), Torchic (het vuurtype) en Mudkip (het watertype). Kies 1 van de drie starters en versla de Poochyena (lv 2)

Nadat je de Poochyena met je starter hebt verslagen zal de Professor je meenemen naar zijn lab in Littleroot Town. Hij bedankt je en zegt dat je de Pokémon mag houden. Nu kun je naar de volgende stad gaan….

Oldale Town
Hier is niet veel te doen. (De stad zal je een beetje doen denken aan Cherrygrove city in G/S/C). Er is een Pokémoncenter om je Pokémon te helen en er is nog een Mart. Je kunt nog geen pokéballs kopen. (Dat komt later pas). Ga dan verder.

Neem de route en ga naar het noorden. Nadat je er een poosje rond hebt gelopen zul je je rivaal tegenkomen. Hij/Zij wil een gevecht tegen je. Je rivaal heeft ook een starter. Deze is altijd van het type waartegen jouw starter zwak is. Je tegenstanders starter zit op lv 5 en is niet zo moeilijk te verslaan als je je eigen Pokémon al wat hoger hebt getraind. Versla je rivaal en ga terug naar Oldale Town. Hier zal je rivaal staan. Praat met hem/haar. Hij/Zij vertelt je dat je terug moet komen naar Littleroot Town.

Ga terug naar Littleroot Town en praat met de professor. Hij zal je een Pokédex en 5 Pokéballs geven. Als je de stad wilt verlaten zal je moeder je ‘Running Shoes’ geven. Daarmee kun je rennen door op de ‘B’ knop van je Gameboy te drukken.

Ga nu terug naar Oldale Town. Onderweg kun je enkele Pokémon vangen met je Pokéballs en je kun je eigen Pokémon hoger trainen. Verlaat Oldale nu via de uitgang aan de westkant. Nu ga je een route op waar een aantal trainers staan. Loop door. Na een poosje zul je bij de volgende stad aankomen.

Petalburg City
Ga naar het Pokémoncenter en heel je Pokémon. Ga vervolgens naar de Gym. Een jongen in de Gym zal je mee naar buiten nemen en doet je voor hoe je een Pokémon vangt. Vervolgens neemt hij je weer mee de Gym in. De Gymleader, die eigenlijk je vader is, zal zeggen dat hij niet met je wilt vechten omdat je nog niet genoeg ervaring hebt. Je hebt 4 badges nodig om hem uit te dagen.

Petalburg Woods
Verlaat de stad en ga Petalburg Woods in. Dit zal je doen denken aan Viridian Forest. Er zijn veel insectpokémon. Als je doorloopt kom je iemand tegen. Hij vertelt je dat hij was aangevallen door team Aqua/Magma. Dit zal de eerste keer zijn dat je tegen Team Aqua/Magma moet vechten. Ze hebben een Poochyena.

Nadat je ze verslagen hebt ga je bos uit en loop je richting Rustboro City. Onderweg zul je een tweeling tegenkomen. Dit wordt je eerste 2 tegen 2 gevecht. (Je moet dan wel 2 Pokémon hebben)

Rustboro City
Rustboro city is de grootste stad van je game. Heel je Pokémon en ga naar de Gym.

Rustboro Gym Pokémon:
- Geodude lv 14
- Nosepass lv 15

Dit kan moeilijk worden (vooral als je Torchic in het begin hebt gekozen). Als je de Gymleader hebt verslagen zul je je eerste badge krijgen en een TM39, Rock Tomb.

Als je uit de Gym komt zie je een lid van Team Aqua/Magma door de stad zien lopen. Hij loopt naar het noorden en achter hem loopt nog een poppetje (dezelfde die je tegenkwam in Petalburg Woods) Loop vervolgens naar de grot aan de noordoostkant van de stad. Hier staat de man te wachten. Als je met hem praat vertelt hij je dat Team Aqua/ Magma in de grot is. Bij de ingang van de grot staat nog een man die zegt dat Kyogre gevangen is door team Aqua/Magma. Ga naar binnen en versla team Aqua/Magma. Als je dit gedaan hebt kun je teruggaan naar de man in Rustboro City die je eerder verteld heeft waar team Aqua/Magma zich bevond. De man neemt je mee naar een gebouw en geeft je de PokéNav. (Dit is een nieuwere versie van de voormalige PokéGear) Je krijgt 2 pakjes die je moet afleveren. 1 is voor de Pokémonleague Kampioen en het andere pakje is voor een professor die in Slateport City woont.

Voordat je verder gaat in je game moet je eerst nog even HM01 ophalen. Die krijg je in het huis dat naast het Pokémoncenter staat gebouwd. Hierna moet je richting Petalburg Woods lopen. Je komt een oude man tegen. Hij zal je meenemen naar een eiland met zijn boot.

Dewford Town
Hier is weinig te doen. Er zijn enkele trainers die je kunt verslaan en als je met de visser praat, die naast het Pokémoncenter staat zal hij je ‘Old Rod’ geven. Ga nu richting de Gym.

Als je de Gym binnenstapt kun je niks zien want alles is donker. Het wordt steeds lichter naarmate je meer ‘Junior Trainers’ verslaat. Het is een vechtgym, dus alle trainers zullen vechtpokémon hebben.

Dewford Gym Pokémon:
- Machop lv 17
- Makuhita lv 18

Als je de Gymleider verslagen hebt zal deze je een badge en een TM08 geven. Loop nu de Gym uit en ga naar het noordwesten van het eiland. Hier zul je de Pokémonleague kampioen ontmoeten. Geef het pakje aan hem. Hij zal je TM47 geven. HM05 (Flash) kun je krijgen van een ‘Hiker’ die in de grot staat. Nu kun je verder op je reis. Ga nu naar de oude man. Hij zal je naar Slateport City brengen. Hij vaart je weer over het water en zal je naar een strand brangen waar enkele trainers staan. Als je naar het noorden loopt kom je in Slateport City.

Slateport City
Als je Slateport City binnenkomt zie je team Aqua/Magna rond een groot gebouw staan. Dit is het museum. Als je probeert de stad uit te gaan wordt je weg versperd door een aantal leden van Team Aqua/Magma.

Ga nu naar het warenhuis-achtige gebouw in de stad. Praat hier met een man en lever het pakje af dat je eerder had gekregen. Als je dit gedaan hebt zul je het museum in kunnen. Het hele museum staat vol met leden van team Aqua/Magma. Loop de trap op en praat met een wetenschapper. Er zullen 2 leden van het team naar je toe komen en tegen je vechten. Als je deze 2 verslagen hebt komt de baas van Team Aqua/Magma en ze verdwijnen.

Loop de trap weer af en praat met het overgebleven lid van het team. Ze zal je TM46 geven. Loop vervolgens het gebouw uit. Je zult opmerken dat de uitgang van de stad niet meer geblokkeerd is. Ga erheen. Hier kom je je rivaal weer tegen. Hij/Zij heeft de Pokémon al geëvolueerd.

Als je je rivaal verslagen hebt zal deze je een ‘Bike Coupon’ geven. Hiermee zul je later een fiets op kunnen halen. Loop nu over het pad door naar de volgende stad.

Mauville City
In deze stad zit een fietsenwinkel. Ga naar de eigenaar en geef de bon aan hem. Hij zal je een fiets geven. Met deze fiets kun je straks het fietspad op.

Loop nu verder door de stad. Voor de Gym staat Wally, de jongen die je eerder heeft laten zien hoe je een Pokémon vangt. Deze keer heeft hij een lv 16 Ralts ,en wil hij tegen je vechten. Als je hem verslagen hebt kun je de Gym in lopen. Alle trainers hier gebruiken elektrische Pokémon.

Mauville Gym Pokémon:
-Magnemite lv 22
-Voltorb lv 20
-Magneton lv 23

Als de de Gym leider verslagen hebt zul je de badge krijgen en een TM34.
Nu kun je naar buiten lopen en praten met een man die in het huis vlakbij de Mart staat. Hij zal je TM06 (Rock Smash) geven. Loop nu naar het noorden en ga de grot in. Loop naar de uitgang. Als het goed is kom je langs een paar gebieden met asregen waar veel Spinda zijn. Nu zul je in een stad aankomen.

Fallarbor Town
Ook hier is niet veel te doen. Je kunt een TM28 (Dig) krijgen van een jongen die in een van de huisjes zit. In een ander huisje vertelt een meisje je dat de professor naar de gouden grot in het zuiden is gegaan.

Heel je Pokémon en verlaat de stad. Ga nu een brug over. Als je over deze brug bent zul je je in een rotsachtig gebied bevinden. Als je er doorheen loopt zul je bij een grot aankomen. Ga nu de grot in. Je ziet de professor praten met een van de leden van Team Aqua. Dan verschijnt Team Magma. De 2 zullen elkaar opmerken en beiden verdwijnen. Nu kun je met de professor gaan praten. Loop vervolgens door de grot. De grot is niet moeilijk om doorheen te komen. Als je de grot uitstapt beland je weer op de route naar Rustboro City. Vanuit daar kun je terug gaan naar Mauville City. Als je daar eenmaal bent kun je naar het Noorden gaan. Nu zul je weer bij de grot aankomen. Ga deze keer niet de grot in maar ga naar het huis er vlak bij en neem de stoeltjeslift.

Mount Chimney
Als je uit de stoeltjeslift stapt, sta je op een vulkaan. Je ziet leden van Team Aqua en Team Magma die aan het vechten zijn. Je kunt nog niet naar de stad omdat de ingang geblokkeerd wordt. Ga dus eerst naar boven en versla de leden van team Aqua/Magma die je tegenkomt. Bovenop de vulkaan staat de leider van Team Aqua/Magma. Versla hem. Als je dit gedaan hebt zal de leider van het andere team naar je toe komen en je bedanken omdat je zijn tegenstander hebt verslagen. Nu kun je naar beneden gaan en de stad ingaan.

Lavaridge Town
Loop de stad in en ga naar de Gym. Als je er rondloopt zul je opmerken dat er een soort teleport-ding in de kamer is (net zoals in de Gym van Sabrina in R/B/Y/G/S/C). Teleporteer jezelf door totdat je bij de Gymleider aankomt.

Lavaridge Gym Pokémon:
- Slugma lv 26
- Slugma lv 26
- Torkoal lv 28

Nu je de Gym leider verslagen hebt kun je Strength gebruiken buiten de gevechten. Je krijgt ook nog een badge en een TM50. (Dit is een krachtige vuuraanval.)

Als je uit de Gym stapt komt je rivaal naar je toe. Hij/Zij zal je Go-goggles geven waarmee door de woestijn kan lopen.

Ga nu weer naar Petalburg City. Hier kun je met Rock Smash een rots breken. Als je dit gedaan hebt zal een ‘Blackbelt’ je HM04 (Strength) geven.

Petalburg City
Ga nu de Gym in. Nu zie je 2 deuren (1 links en 1 rechts). Zo ziet elke kamer in de Gym eruit. Je moet eerst de ‘Junior Trainers’ verslaan voordat je door de deuren kunt. Uiteindelijk zul je bij de Gymleider aankomen. Het type van de Gym is Normal dus een Fighting Pokémon zou goed van pas komen.

Petalburg Gym Pokémon:
- Slaking lvl 28
- Vigoroth lvl 30
- Slaking lvl 31

Slaking is een Pokémon met een hoge aanvalskracht. Probeer hem zo snel mogelijk af te maken. Het is verstandig een spook Pokémon te gebruiken (omdat normale aanvallen hier geen effect op hebben) Als je de Gymleider verslagen hebt krijg je TM42 en kun je de ‘Surf’ move ook buiten het gevecht gebruiken.

Nu loop je naar buiten en ga in het huis dat links van de Gym staat. Praat met de man die binnen zit. Hij zal je HM03 (Surf) geven. Leer 1 van je Pokémon Surf. Ga nu naar Mauville City (de stad waar je je fiets kreeg). Neem nu de uitgang aan de oostkant. Surf over het water tot je weer bij het land aankomt. Loop door totdat je bij een groot gebouw aankomt. Hier zijn Team Aqua/Magma weer. Versla nu heel het team. Als je je Pokémon wilt helen kan dat bij het bed aan de linkerkant op de 1e verdieping.

Loop het gebouw uit. Nu kun je de brug op gaan. Hier zul je je rivaal weer ontmoeten. Als je hem/haar verslaat zul je een HM02 (Fly) krijgen. Leer dit aan een van je Pokémon en je zult in staat zijn naar alle steden te vliegen waar je geweest bent.

Fortree City
Als je door blijft lopen zul je in een stad komen. Als je probeert de Gym in te gaan zal iets je tegenhouden. Loop daarom de stad uit aan de oostkant en loop totdat je een brug tegenkomt. Hier staat een man. Als je met hem praat vertelt hij je dat het een ‘Kecleon’ was die je de weg blokkeerde. Hierna zul je tegen een lv 30 Kecleon moeten vechten. Versla hem en ga terug naar de Gym. De Gymleider is gespecialiseerd is vlieg-Pokémon.

Fortree Gym Pokémon:
- Swellow Lvl 31
- Pelipper Lvl 30
- Skarmory Lvl 30
- Altaria Lvl33

Gebruik een elektrische Pokémon tegen Pelipper en Swellow. Tegen Skarmory een vuur Pokémon en voor Altaria een ijs type. Als je de leider verslagen hebt krijg je wederom een badge. Je krijgt ook nog een TM40.

Loop nu de stad uit via een pad. Je moet doorlopen totdat je een soort meer tegenkomt. Hier moet je gaan surfen. Ergens in het midden is een huis. Ga het huis binnen. Dit lijkt een beetje op de Pokémon-toren. Er zijn veel spook Pokémon. Zoek naar de andere uitgang (ja, er is er nog 1) en verlaat de toren weer. Nu zul je uitkomen op een berg. Klim omhoog. Je komt weer een aantal leden van Team Aqua/Magma tegen en 2 andere mensen. Versla team Aqua/Magma en praat met de 2 oude mensen.

Ga nu terug naar Slateport City. Ga naar het noordoosten van de stad. Er zijn een boel poppetjes hier. Praat met een professor. Hij neemt je mee en je zal de leider van Team Aqua/Magma weer zien. Deze keer zul je niet met hem vechten.

Lilycove City
Ga nu naar Lilycove City. Ga naar de Mart in het noorden van de stad. Hier staat je rivaal op je te wachten. Versla hem/haar en ga naar het oostelijke deel van de stad. Hier begint het strand. Gebruik surf en ga naar het noorden. Na even surfen zul je bij een grot aankomen. Dit is het hoofdkwartier van Team Aqua/Magma. Versla het hele team. Nu kun je verder surfen naar de volgende stad.

Mossdeep City
In 1 van de huisjes kun je een ‘Good Rod’ krijgen. Ga vervolgens naar het Pokémoncenter en heel je Pokémon. Ga nu naar de Gym. Je moet alle schakelaars naar beneden zetten als je bij de Gym leider wilt komen. De Gymleiders vechten met pyschopokémon en je moet tegen hen vechten in een 2 tegen 2 gevecht.

Mossdeep Gym Pokémon:
- Lunatone lv 42
- Solrock lv 42

Als je de Gymleiders wilt verslaan kun je beter eerst de zwakste Pokémon van hen verslaan (dat is Solrock). Als je dit doet is het makkelijker de andere Pokémon te verslaan. Loop nu de Gym uit en praat met 1 van de mensen om een HM08 (Dive) te krijgen. Dive is een nieuwe move. Hiermee kun je onderwater duiken om zo andere plaatsen te bereiken. Nu kun je naar Sootopolis City gaan. Maar als je daar komt is er niks te doen. De Gym zit nog op slot.

Surf daarom eerst naar het zuiden. Duik onderwater als je een dieper gebied ziet (donkerblauwe kleur). Ga naar een grot. Je hebt een Pokémon nodig die ‘Strength’ en ‘Rock Smash’ beheerst nodig om door de grot te komen. In de grot zul je een van de legendarische Pokémon zien. Loop door totdat je bij de leider van Team Aqua/Magma komt. Versla hem. Ga nu naar Sootopolis City.

Sootopolis City
Ga naar Sootopolis City. In het westelijke deel van de stad zie je 2 mensen spreken. De man zal je meenemen naar een grot die je nog niet eerder hebt gezien. Ga de grot in en probeer naar de bodem te komen. Hier zul je de legendarische Pokémon zien (die je de vorige keer ook bij de grot van team Aqua/Magma zag). De Pokémon zal op lv 45 zitten. Versla of vang de Pokémon en zoek verder in de grot naar HM07 (Waterfall). Ga nu de grot uit.

Nu ben je weer in de stad. Heel je Pokémon bij het Pokémoncenter en ga naar de Gym. Je moet een puzzel oplossen om bij de leider te komen. De leider gebruikt water Pokémon. Als je de leider hebt verslagen kun je ‘Waterfall’ ook buiten de gevechten gebruiken.

Evergrande City (Pokemon League)
Nu je de 8e Gymleader verslagen hebt kun je de stad verlaten. Surf naar het oosten totdat je een waterval tegenkomt. Met de HM07 kun je die waterval nu beklimmen. Als je dat doet kom je bij een grot uit. In het Pokémoncenter dat voor de grot staat kun je je Pokémon nog even helen. Je hebt ‘Flash’ nodig om de grot op te lichten. In de grot kun je nog wat trainen en je team nog wat aanvullen voordat je de league echt gaat spelen. Je kunt de grot verlaten en naar de league gaan.

De Pokémon League.
Als je uit de grot stapt zul je een groot gebouw zien. Ga naar binnen en heel je Pokémon. Praat met de ‘Twin’ die er staat. Zij zullen je binnenlaten. Alle leden van de Elite 4 gebruiken 5 Pokémon. De Champion gebruikt er 6. Hieronder volgt de lijst:

Sidney: Pokémon:
Mightyena lvl 46
Shiftry lvl 48
Cacturne lvl 46
Sharpedo lvl 48
Absol lvl 49

Phoebe: Pokémon:
Dusclops lvl 48
Banette lvl 49
Sableye lvl 50
Banette lvl 49
Dusclops lvl 51

Glacia: Pokémon:
Glalie lvl 50
Sealeo lvl 50
Glalie lvl 52
Sealeo lvl 52
Walrein lvl 53

Drake: Pokémon
Shelgon lvl 52
Altaria lvl 54
Flygon lvl 53
Flygon lvl 53
Salamence lvl 55

De Champion (Steven), Steel Pokémon:
Skarmory lvl 57
Aggron lvl 56
Cradily lvl 55
Claydol lvl 56
Metagross lvl 56
Armaldo lvl 58

Nadat je de Pokémon League verslagen hebt zullen de professor en je rivaal er aan komen lopen. Na wat gebabbel zal de kampioen je meenemen naar de Hall of Fame. Hierna kun je de Hall of Fames ook zien in je PC. Als het goed is sluit je game nu af (je ziet wie het allemaal heeft gemaakt en dat soort stuff). Hierna kan je Latios of Latias vangen, een bezoekje brengen aan de Battle Tower en Sky Pillar en andere dingen. En voor de rest je Pokédex vervolledigen