Egypte wil dat de Palestijnen terugreizen naar de Gazastrook via Aouja, een grensovergang die onder controle staat van Israël.
De pelgrims willen zelf via Rafah reizen, de enige grensovergang die niet onder Israëlisch gezag staat.
Onder de passagiers zouden zich enkele hooggeplaatste leden van de militante Palestijnse beweging Hamas bevinden.
Israël denkt dat sommigen van hen geld naar Gaza proberen te smokkelen.
Hamas vreest dat Israël de pelgrims zal arresteren als ze via Aouja reizen.
De Gazastrook is in handen van Hamas. Circa 1,5 miljoen mensen wonen daar in grote armoede. De Israëlische regering heeft de kuststrook bijna volledig van de buitenwereld afgesloten.
Hamas-leden beschuldigen Egypte ervan te buigen voor de Israëlische druk.
We zijn ons bewust van de Amerikaanse en Israëlische druk op Egypte, en wij sporen Egypte aan hier geen gehoor aan te geven, aldus een Hamas-functionaris.
De pelgrims zitten inmiddels twee dagen vast op de veerboten, zonder medicijnen.
Ze hebben deelgenomen aan de islamitische hadj, de jaarlijkse bedevaart naar Saudi-Arabië.
Begin december mochten circa 2000 Palestijnse pelgrims de Gazastrook verlaten via Rafah.
Maar de Egyptische autoriteiten spraken met de Israëlische minister van Defensie Ehud Barak af de reizigers op de terugweg niet meer via die grensovergang te laten passeren.