Met harde hand aangespoord door vader en manager Murry Wilson, zelf een weinig succesvolle liedjesschrijver, maakten de jongens muziek in de stijl van The Four Freshmen, waarbij harmonieuze zang de hoofdrol speelde. De single Surfin' uit 1961 werd een hit en was typerend voor de richting die de band de eerstvolgende jaren zou volgen: een combinatie van surfmuziek, een stijl die tot dan toe vooral instrumentaal was geweest, en teksten over surfen, auto's en meisjes. In hoog tempo werden singles en albums uitgebracht. Al Jardine zegt hierover: "The Beach Boys zelf waren onze grootste concurrenten".

Leider van de band was Brian Wilson, die ook de meeste liedjes schreef en die vooral vanaf de derde lp ook een begenadigd producer bleek te zijn. Eind 1964 besloot de verlegen Brian om niet langer live op te treden en zich meer op het schrijven van nummers en het produceren te richten. Zijn vervanger in de liveband was Bruce Johnston. Murry Wilson werd ontslagen, waarmee de artistieke vrijheid voor Brian compleet werd. Naarmate hij de mogelijkheden van de studio meer ontdekte schreef hij complexere muziek, die hij liet spelen door de beste studiomuzikanten. De andere leden van de groep voegden later de vocalen toe.

Toen in 1965 The Beatles het album Rubber Soul uitbrachten was dit voor Brian de inspiratie voor Pet Sounds, dat in 1966 verscheen en onlangs door het tijdschrift "Rolling Stone Magazine" werd uitgeroepen tot op-twee-na-beste album ooit. Dit album, dat voor die tijd voor popmuziek ongekend complexe muziek en persoonlijke teksten bevatte, werd ontvangen met lovende recensies maar verkocht in Amerika slechter dan de vorige albums. In Europa nam de populariteit van The Beach Boys er echter flink door toe, en voor het eerst hadden The Beatles serieuze concurrentie in de hitparades. De latere single Good Vibrations, waarvan de opnames zes maanden duurden in zes verschillende studio's, werd een grote hit.

Aangemoedigd door dit succes vatte Brian het plan op voor een album dat Pet Sounds in alle opzichten zou overtreffen. Samen met tekstschrijver Van Dyke Parks en een keur aan sessiemuzikanten werkte Brian in de studio aan dit album, Smile geheten, terwijl de band op tournee was. Uren aan muziek werden opgenomen maar slechts weinig nummers werden echt afgemaakt. De negatieve reacties van de andere Beach Boys op de teksten van Van Dyke Parks en de ongekend complexe muziek maakten dat Brian de zin in het project verloor. Wanneer in 1967 The Beatles hun album Sgt. Pepper's Lonely Hearts Club Band uitbrachten, nota bene geïnspireerd door Pet Sounds, betekende dit de definitieve nekslag. Smile werd officieel afgelast en Brian raakte in een zware depressie.

Als surrogaat voor Smile verscheen Smiley Smile, dat een aantal Smile-nummers bevatte. De opvolger Wild Honey heeft een heel afwijkend, ongepolijst geluid doordat Brian zich als producer terugtrok en bevat zelfs een aantal pure soulnummers. Vanaf Friends uit 1968 traden de andere leden van de band meer op de voorgrond en bleken, met uitzondering van Mike Love, allen goede songschrijvers te zijn. Hoewel het niveau van Pet Sounds nooit meer gehaald werd wist de band ook met een minimale betrokkenheid van Brian Wilson nog goede albums te maken, weliswaar mede door het afmaken van nummers van Smile. 20/20 is een verzameling singles en overgebleven nummers, waaronder Cabinessence, dat bedoeld was als een van de hoekstenen van Smile. Ook bevat dit album het nummer Never Learn Not to Love waaraan Dennis Wilson zijn naam verbond maar dat in werkelijkheid geschreven was door zijn vriend Charles Manson.

De band maakte een kortstondige artistieke heropleving door nadat ex-journalist Jack Rieley manager van de band werd. Sunflower uit 1970 profiteerde van sterke composities van alle leden, maar werd desondanks het slechts verkopende album sinds de oprichting van de band. Het album Surf's Up uit 1971 wordt tegenwoordig als een hoogtepunt in het oeuvre van The Beach Boys beschouwd, niet alleen vanwege het voor Smile bedoelde titelnummer maar zeker ook door nummers als Long Promised Road, geschreven door Carl Wilson, en Disney Girls van Bruce Johnston. Het door Rieley aangemeten nieuwe imago werpt zijn vruchten af en de band is weer "hip" in de Verenigde Staten.

Bruce Johnston verlaat de band in 1972 uit onvrede over de rol van Rieley. Ten tijde van de albums Carl and the Passions, So Tough (1972) en Holland (1973) maakten twee zwarte Zuid-Afrikanen, Ricky Fataar en Blondie Chaplin, deel uit van de band, die daardoor aan dynamiek won. Deze bezetting maakte vooral tijdens optredens grote indruk. Het grote commerciële succes van het compilatiealbum Endless Summer zou in 1974 echter de artistieke teloorgang van de band inluiden. Manager Jack Rieley werd ontslagen en vervangen door Mike Loves broer, Steve, die een terugkeer naar de surfsound voortstond. Fataar en Chaplin verlieten de band; Fataar dook later op als lid van The Rutles, een persiflage op The Beatles.

Vanaf 1976 ging het met de band verder bergafwaarts, ondanks of misschien juist dankzij de terugkeer van Brian, die kortstondig onder therapeutische begeleiding stond van Eugene Landy. Met veel bombarie, de 'Brian's Back' campagne, werd Brians terugkeer in de band aangekondigd. Brian kon de hoge verwachtingen echter niet waarmaken. Echt goede albums werden er daarna niet meer gemaakt, en het enige artistieke hoogtepunt uit deze periode is Dennis Wilsons soloalbum Pacific Ocean Blue. Dennis Wilson verdronk in 1983, voordat zijn tweede album Bamboo af was. Brian Wilson raakte in de ban van de omstreden psychiater Eugene Landy, die in 1982 opnieuw werd benaderd om Brian te helpen. Landy zou echter diens hele leven gaan beheersen. In 1988 verscheen Brian Wilsons eerste solo-album, waar Landy als medesongschrijver aan mee zou hebben gewerkt. Een dieptepunt was verder de rechtszaak die Mike Love aanspande tegen Brian Wilson over achterstallige auteursrechtenvergoedingen.

Het allerlaatste Beach Boys-album zou Stars and Stripes, Vol. 1 uit 1996 worden, waarop oude successen werden gezongen door beroemde countryzangers en de Beach Boys alleen de achtergrondvocalen verzorgden. Carl Wilsons overlijden aan kanker in 1998 betekende het definitieve einde voor de groep. Mike Love (met de in 1979 terugggekeerde Bruce Johnston) en Al Jardine touren tegenwoordig elk met een eigen band waarmee ze vooral oude successen ten gehore blijven brengen. Brian Wilson werkt sinds 1988 solo. Gesteund door zijn begeleidingsband, met daarin onder andere de leden van de Wondermints, werd Smile alsnog afgemaakt. Tijdens een succesvolle Europese tournee in 2004 werd Smile integraal live opgevoerd. Eind dat jaar verscheen het album ook op cd.