De put werd ook gebruikt als vuilnisbak voor bijvoorbeeld keukenafval. De gemetselde beerput had een gewelfd plafond met een stortkoker. Boven de stortkoker stond ooit een houten huisje waarin een plank was aangebracht met daarin een rond gat. Dit werd meestal afgedekt met een houten deksel. Uit enkele geschreven bronnen uit die tijd blijkt dat aan de wand vaak een bakje was bevestigd om papier in te leggen. Het huisje had in de 17de eeuw verschillende namen: 'secreet', 'privaat', 'schijthuis', 'heymelickheid' of 'garderobbe tot heimelick gerief'. Rembrandts secreet bevond zich op de binnenplaats en was alleen vandaar bereikbaar. Een badkamer of binnentoilet zul je niet vinden in het Rembrandthuis, die bestonden gewoonweg nog niet. Het woord 'toilette' werd in de 17de eeuw alleen gebruikt voor het tafellaken waarop je toiletgerei plaatste, zoals een kan met water en een schaal, een staande spiegel en een borstel.

In de 17de eeuw was een beerput meestal niet op een riool aangesloten. Rembrandts put had wel een overloop die achter de keuken langs op de gracht uitkwam, zoals bij rijkere burgers gebruikelijk werd in die tijd. Soms raakte een put vol en moest hij worden geleegd met een emmer aan een lange stok, een 'beeremmer' of 'sekreetruimer'. De inhoud werd met het andere huisafval, dat werd verzameld in houten tonnetjes, als mest aan boeren en tuinders in de omgeving verkocht.

Zo'n 17de-eeuwse put levert een schat aan informatie op. Je kunt er namelijk van alles in vinden: visgraatjes en kersenpitten uit de ontlasting en kapotte kruiken, pispotten, gebroken pijpjes en glasscherven. Zulke voorwerpen kunnen ons een verhaal vertellen over de bewoners. In Rembrandts beerput zijn verschillende voorwerpen gevonden: zoals een pot met verfresten, een blauwwitte kan, een Italiaanse schaal, een tinnen lepel, een houten boterspaan, twee knikkers en een heleboel pijpjes. Na de opgraving door archeologen is de put weer dicht gemaakt.