De voorouders van de moderne Kleine Münsterländer revieren in de heidevelden en moerassen van Noord-Duitsland enkele honderden jaren geleden. De eisen die op de honden door deze "brood jagers" de eerste plaats nodig betrouwbaar werk na het schot. Pointing stijl bracht geen financiële beloningen, terwijl gewond wild niet hersteld was het een echt verlies was. Cultuur en fauna gebruik verandert en maakt een einde aan de "brood jacht" en werd vervangen door recreatieve jacht. Met het opkomen van vuurwapens, werd de valkerij achterhaald. In de 19e eeuw zijn er enkele kleine Munsterlanders gebleven. Aan het begin van de eeuw, Edmund Lons, broer van de beroemde jacht en de natuur dichter Hermann Lons, ontdekt Kleine Munsterlanders in twee steden in Nedersaksen. Lons verkregen honden uit twee lijnen. Een lijn bestond uit fijn gebeend, behendig, levendige en intelligente honden, bekend om hun "track geluid" op het parcours. Honden van de andere lijn waren traag in het zoeken, van sterke bouwen, en uitstekend in hun gebruik van de neus. De achtergrond en fokken van deze honden kunnen worden getraceerd voor meerdere generaties. De Kleine Munsterlander was in die dagen bekend door een verscheidenheid van namen. Lons noemde ze Heidewachtel, "heide kwartel hond, 'maar als een club werd opgericht in 1912 de Kleine Munsterlander naam werd gekozen.
In het begin van 1900, vond de Kleine Munsterlanders vele liefhebbers. Veel fokkers produceerde hen, en honden werden geëxporteerd naar andere landen. Na 1925, tegelijk met een brede economische depressie, hun aantal gedaald en bereikte een dieptepunt in 1931. Hun aantal begon te herstellen tot de oorlogsjaren die weer chaos bracht, net als de andere Duitse rassen. Efficiënte rasvereniging organisatie en communicatie tussen de leden werd ernstig belemmerd door de oorlog en de Kleine Münsterländer eigenaars konden na de oorlog zich niet veroorloven om hun honden te houden, of hun registratie papieren waren vernietigd of verloren gegaan. In 1946 werd de club nieuw leven ingeblazen met 257 leden. Er werden pogingen gedaan om consolidatie van alle kleine Munsterlanders dat de oorlog overleefd. Deze honden, waarvan de papieren verloren gingen, werden opgenomen in een register, gebruikt voor een fok-en toegestaan voor de verdere fokkerij als hun nest werd gezien als zuiver. Vandaag, behoudt de Kleine Munsterlander het nog steeds goed gefokte jacht kwaliteiten.
