Theodorakis componeerde al zeer vroeg, zijn vroegste werk stamt van voor de tijd dat hij een instrument kon spelen, hij vormde een koor en gaf zijn eerste concert in zijn zeventiende levensjaar. Hij studeerde eerst muziek aan het conservatorium van Athene en daarna dat van Parijs. Hij studeerde muziekanalyse onder Olivier Messiaen en directie onder Eugene Bigot. Zijn werk werd vanaf het begin enorm gewaardeerd.

Met zijn terugkeer naar de Griekse muziek, begon een renaissance in de Griekse muziek. Nog steeds geldt de samenwerking met Maria Farantouri als het beste wat de Griekse muziek te bieden heeft. Theodorakis heeft veel muziek geschreven, symfonische muziek, opera, ballet, liederen, cantates en oratoria en filmmuziek. In de laatste categorie componeerde hij het nummer La danse de Zorba voor de film Zorba de Griek. Het werd één van de grootste Top 40 hits aller tijden.

In 2007 ontving hij de Lifetime Achievement Award voor zijn volledige oeuvre in het World Soundtrack Awards-gala op het Internationaal Filmfestival van Vlaanderen-Gent.

Vanaf 1980 houdt Theodorakis zich hoofdzakelijk met klassieke muziek - onder andere 5 opera's, requiem, 5 symfonieën - bezig, maar het componeren van liedcycli heeft hij niet geheel opgegeven. Zo componeerde hij in 2006 de liederencyclus "Odysseia" die in 2007 in een vertolking van Maria Farantouri bij het Griekse label Legend verscheen.

Voor de openingsceremonie van de Olympische Spelen in China componeerde hij een rhapsodie voor trompet en orkest, na al eerder een rhapsodie voor cello en orkest en een voor gitaar en orkest gecomponeerd te hebben.