De abdij der benedictijnen - toegewijd aan de HH. Petrus en Paulus - werd gesticht in 1837 door D. Veremundus D'Haens, Dendermondenaar, en één der laatste overlevende monniken van de aloude abdij Affligem in Brabant. Hij vestigde zich met zijn eerste novice in het voormalig klooster der Kapucijnen (1595-1797), door hem aangekocht van het armbestuur.

In 1857 werd de Dendermondse abdij verenigd met de benedictijner Congregatie van Subiaco of van de oudere onderhouding waarvan zij thans, samen met de abdijen van Affligem en Steenbrugge, in België, en de missieabdij van Pieterburg in Noord Transvaal, de Belgische provincie uitmaakt.
In het jaar 1886 werd het binnenpand van het klooster in neogotische stijl herbouwd; in 1891 werd een ruime bibliotheek bijgebouwd. Enkele jaren later, in 1900, werd ook de oude Kapucijnenkerk, te klein geworden, afgebroken en vervangen door de huidige kerk, in gotische stijl, naar de plannen van bouwmeester August Van Assche (1901-1902 werd de nieuwe kerk opgetrokken).

In 1914 werd de abdij, zoals het grootste gedeelte der stad, door oorlogsbrand verwoest. Al de abdijgebouwen werden in puin gelegd; alleen de bibliotheek, als 'brandvrij' gebouwd, kon aan het vernielend vuur ontsnappen. Het mooie abdijmuseum (drie zalen) werd met al zijn kostbare oudheden vernield. Slechts enkele oude schilderijen en het zilverwerk (St. Bernardusstaf, montrans, kelken, enz.) voortkomende van Oud-Affligem, bleven gespaard. Van de kerk vergingen de torenspitsen en het dak, het sterke gewelf bood echter weerstand, zodat het kerkgebouw gevrijwaard bleef. Een deel van het koorgestoelte geraakte evenwel in de brand, samen met de sacristie.

In 1919 werd een aanvang gemaakt met de herstellingswerken aan de kerk en het bouwen van een nieuwe abdij, wijder en grootser, in de Vlaamse Renaissancestijl, naar de plannen van de Gentse bouwmeester Valentin Vaerwijck. De twee eerste vleugels konden in 1924 ingehuldigd worden. De twee overige, samen met het fraai voorgebouw, werden dan later voltooid.

De glasramen van de basis werden geschilderd door Camille Ganton, van Gent. Het hoogaltaar, met retabel in albast, het altaar en het beeld van Sint-Benedictus, de predikstoel en het koorgestoelte werden gebeeldhouwd door beeldhouwer Rooms, van Gent.
Het koorgestoelte, gedeeltelijk vernield in september 1914, werd in 1930 hersteld.
De kruisweg is van Alois De Beule (Zele). De twee mooie altaren, aan de ingang van het koor, met koperen retabel gedreven door Firlefijn (Gent), zijn toegewijd aan het H. Hart van Jezus (H. Sacramentsaltaar) en aan O.-L.-Vrouw van Affligem.

In 1939 werd de abdijkerk tot de waardigheid van basiliek verheven. De basilicale kentekens (conopaeum en klokje) prijken aan weerskanten van het hoogaltaar, terwijl een gedenksteen, achteraan in de kerk, aan deze verheffing herinnert.

De nieuwe abdijgebouwen, in Vlaamse renaissance-stijl, werden opgetrokken volgens het traditionele plan der Benedictijnenabdijen: vier grote vleugels met de kloosterpand en de conventuele lokalen (bibliotheek, refter, recreatiezaal, enz.) rond een binnenhof. Deze gebouwen, in roosrode baksteen, met versieringen, venster- en deuromlijstingen, gewelfribben, enz. in witte steen, bieden een mooi en kunstvol uitzicht aan, van hoge architecturale waarde. De kunstminnaar zal er menig stemmig hoekje ontdekken.