De eerste jaren van haar bewind waren moeilijk

Egypte was een van de weinige koninkrijken dat onafhankelijk is gebleven van de macht van Rome. Rome keek begerig naar het goud en de rijke opbrengst van de vruchtbare landbouwgronden .      
                                                              Tijdens de troonstijging van Cleopetra is er sprake van een logge bureaucratie . Het land is verwoest door plunderende bendes, de economie wankelt. Cleopatra heeft haar handen vol met het verijdelen van samenzweringen die aan het hof worden gesmeed. Haar jongere zus Arsinoë, aast op haar troon. En de jonge Ptolemaeus, echtgenoot van Cleopatra, wordt gemanipuleerd door zijn  adviseursregenten.                                               

Toch houdt Cleoptra de touwtjes flink in handen. Ze devalueert de munt om de export te stimuleren, stelt een godsdienstige politiek in die aansluit op de behoeften van de Egyptenaren en probeert kost wat het kost een conflict met Rome te vermijden.                                                                      

 In 50 v. Chr. worden twee zonen van de Romeinse consul vermoord. Om haar goede wil te tonen zend ze de vermoedelijke moordenaars naar Pompeius. Volgens geruchten zou zij een verhouding hebben met de jongste zoon van Pompeius, Gnaeius.