In de Indiculus superstitionum et paganiarum uit de achtste eeuw werd de verering bij heilige plaatsen (zoals bij bomen en in bossen), net als andere heidense gebruiken, verboden.
Toen de christelijke kerk in de vroege middeleeuwen begon met de kerstening (het historische bekeren, vaak massaal, van niet-christelijke (veelal heidense) volkeren tot het christendom) van Nederland en België werden vele heilige bomen omgehakt.
Het hout werd vaak gebruikt voor de bouw van de kerk of kapel, ook werden er beelden van gemaakt (vaak Maria-beelden of kruisen).
Eén van de bekendste boomheiligdommen is de Donareik, deze werd gerooid in opdracht van Bonifatius.

Soms bleef de boom zelf behouden, dan plaatste men vaak een kruis, beeld of kapelletje bij (of in) de boom om op die manier de bevolking te kerstenen.
Later werden opnieuw pogingen gedaan de verering bij het boomheiligdom tegen te gaan, door het beeldje te verplaatsen naar een kerk in de omgeving.
Dit had meestal niet het gewenste effect.

Er zijn nog enkele tientallen heilige bomen overgebleven vooral in de zuidelijke delen van Nederland en België, enkele opvallende exemplaren zijn:

- Heilige eik van Den Hout, bij Oosterhout
- Lapjesboom te Overasselt (koortsboom)
- Spijkerbomen van Yde (breukenbomen)
- Koortsboom te Breda, in het Liesbos
- Heilige Eik van Heusden in België
- Lieve Heerboom op de grens van Kortessem en Wellen, een zomereik uit 1200 met ooit stamomtrek van 9,58 m tot hij in een storm werd geveld en er enkel een linker scheut van overbleef.
- Achtzalighedenboom bij Lille, deze grove den had oorspronkelijk 8 stammen en wordt de opmerkelijkste boom van België genoemd.
- Duizendjarige eik in de omgeving van Lummen.
- Onze-Lieve-Vrouwe ter Eik, Meerveldhoven, hier is de kapel over de boom (met Maria-beeld) heen gebouwd.
- Heksenboom, Sint Anthonis

Er zijn vele volksverhalen over de wonderbaarlijke verschijning van Maria-beelden, die in de boom werden geplaatst.
Wanneer de beelden verplaatst werden, kwamen ze op mysterieuze wijze weer naar de oorspronkelijke plek terug.
De plaatsen werden vaak een bedevaartplaats, nog altijd trekken de boomheiligdommen vele belangstellenden.

Zomereik uit de 9e eeuw, Allouville-Bellefosse, dit is de beroemdste boom van Frankrijk, er zijn twee kapellen gemaakt - de bovenste is bereikbaar via een wenteltrap rond de boom.

Ook als het boomheiligdom inmiddels verdwenen is, kun je vaak aan namen herleiden dat er ooit sprake was van een heilige boom.

- Kapel van de Beukenboom, Lummen , eerder was er een Maria-beeld in de holte van een beuk aanwezig, nu is er alleen nog een (bewoonde) kluis en kapel op deze plek te vinden (het hoogste punt in de gemeente). De Duizendjarige eik staat hier niet ver vandaan.
- Kapel van de Heilige Eik, landgoed Baest vlakbij Oirschot, eerder was er een Maria-beeld in de eik geplaatst, het was volgens de verhalen een koortsboom. In de huidige kapel staat een kopie van dit beeld. Het originele beeld staat in 's-Hertogenbosch. De eik staat op de vlag en het wapen van de gemeente Oirschot.
- Bergeijk, Echa (1137), Eik of Eikelberge.
- Jezus-Eik in Overijse
- Esdonk met de Spijkerkapel
- Mariabeeld Onze Lieve Vrouw van Eiteren, Eiteren, een kopie van Onze Lieve Vrouw van Eiteren is bij de reconstructie van de fundering van de kapel geplaatst.
- Mariakapel op de Speelberg in Linden, hier hing eerder een Mariabeeld aan een boom.
- Kapel Onze Lieve Vrouw ter Eecken bij Hulst
- Scherpenheuvel, tegenwoordig staat er een basiliek op de plek van de eik
- Onze Lieve Vrouwe van Schilbergkapel, Schilberg
- Onze Lieve Vrouw van Handel, Handel, dit beeld werd gevonden aan een doornstok
- Gerlachus van Houthem, leefde als kluizenaar in een holle boom in Houthem. Tegenwoordig is er een kerk op deze plek, het gebeente van de kluizenaar is in de reliekschrijn opgeborgen.
- De bedevaartsplek Heiloo (Heilig bos) met Onze Lieve Vrouwe ter Nood
- Holywood (Heilig bos) in Noord-Ierland