.Kruidnagelen worden veel gebruikt in koekkruiden, zoals in speculaas. Bij stoofgerechten, zoals runderlappen worden kruidnagelen langdurig meegetrokken. Traditioneel worden kruidnagelen ook meegekookt met rode kool en met wild. Kruidnagel vormt een bestanddeel van het kerriemengsel. In Duitsland wordt kruidnagel toegevoegd aan glüwein, in Nederland wordt kruidnagel toegevoegd aan de (vergelijkbare) bisschopswijn. De kruidnagelen zelf moeten niet gegeten worden, want zelfs na lang stoven hebben ze nog een zeer sterke smaak. Dit geldt niet voor de kruidnagelen in de Friese nagelkaas.
Kruidnagelolie werd in de tandheelkunde gebruikt als verdovend middel. Vroeger werd de kruidnagel als verdoving in een pijnlijke kies gestoken. Ook wordt het gebruikt om kleine ondoorzichtige monsters of diertjes (vlooien, andere kleine insecten) te 'klaren' (doorschijnend maken) voor microscopie. De stof eugenol uit kruidnagelolie wordt gebruikt als uitgangmateriaal bij de productie van vanilline. Ook wordt kruidnagelolie toegepast in parfum. Diverse drankjes ontlenen hun sterke smaak aan kruidnagelen. Verschillende wierooksoorten krijgen een extra aroma met kruidnagel.
In Indonesië verbruikt men bijna de gehele productie in het land zelf, onder andere omdat kruidnagelen daar in sigaretten (Kreteks) worden verwerkt. De naam Kreteks is een klanknabootsing van het knetteren van deze sigaretten wanneer ze worden aangestoken. De olie uit de kruidnagel verbrandt dan.
