In de traditionele hakhoutbossen werd vlier geweerd. Economische gezien was deze voor de bosbeheerder niet interessant en bovendien een lastpost die alleen maar ruimte innam. Hij werd ‘mortbois’ genoemd (dood hout) en mocht net als sprokkelhout op tal van plaatsen zonder bezwaar worden weggehaald. Vooral de bessen en bloemen van de gewone vlier behoorden tot de klassieke huis-, tuin- en keukenmiddelen. Daarom plantte men hem in zowat elke tuin, in het bijzonder bij bakhuizen, mogelijk een overblijfsel van een Germaanse traditie. Men meende lange tijd dat een vlier bescherming bood tegen blikseminslag en brand.

De bessen zijn licht giftig : ze bevatten de naar het geslacht genoemde stof sambunigrine, die echter door koken onschadelijk wordt. Van de bessen kan siroop gemaakt worden die helpt bij verkoudheid en griep. Van de bloesems kan thee, limonade, jam en azijn gemaakt worden. Vlierbessen bevatten veel vitamines. Ze worden ook gebruikt voor het verven.

De bladeren werden gebruikt voor het op geur brengen van bijenkorven: bij het vangen van een zwerm verhoogde de kans dat het volk in de nieuwe korf zou blijven.

Aan de bloesem van de vlier worden voorspellende krachten toegeschreven. In centraal Europa hangen jonge meisjes in de nacht van 21 juni een bloeiende  vlierkrans achter het bed. Hierdoor zou hun toekomstige echtgenoot zich in hun droom openbaren.

In de Middeleeuwen had de vlier de reputatie dat hij als afweermiddel beschermde tegen zwarte magie en hekserij. De vlier was gewijd aan Vrouw Holle.

In de hekserij en Wicca is de vlier een heilige boom die niet verbrand mag worden. De Wiccan rede waarschuwt in het Engels: “Elder is the Lady's tree, burn it not or cursed you'll be “ ofwel “Vlier is de boom van de Vrouwe, verbrand haar niet of je wordt vervloekt”. Je bent gewaarschuwd!