De vier jaren van de nazi-bezetting brengen het land weer zijn aandeel van opofferingen en lijden. Toch is het duidelijk dat de suikerindustrie, zonder de uiterst positieve actie van de suikerconfederatie, voor onoplosbare problemen zou staan. In voortdurende samenwerking met het Ministerie van Landbouw en Ravitaillering en het Commissariaat van Prijzen en Salarissen zorgt de confederatie van bij het begin tot op het einde van de oorlog voor een eerlijke en regelmatige verdeling van suiker. Ze komt ook op voor de belangen van de fabrikanten, de suikerbiettelers en de bevolking.  Ondanks een indrukwekkende daling van het productiepeil slaagt de Tiense Suikerraffinaderij erin al haar personeel aan het werk te houden en zelfs mensen aan te werven.

In 1941, als reactie op het verbod de lonen te verhogen,  begint de groep met een systeem van driemaandelijkse voorschotten voor bedienden en arbeiders in functie van de gezinslast. Later, zodra het conflict voorbij is, zullen deze schulden overigens volledig kwijtgescholden worden.  Door haar civiele houding, die ook nog op andere manieren tot uiting komt, krijgt de Tiense Suikerraffinaderij bij verschillende gelegenheden het hard te verduren vanwege de bezetters en de collaborateurs. Vervolgingen, inbeslagnemingen en aanslagen zijn schering en inslag tijdens het jaar 1944. Tot de Amerikanen op 7 september Tienen komen bevrijden. Ondanks de wrede knevelarijen betreurt de Tiense Suikerraffinaderij het niet dat zij haar civiele verantwoordelijkheden is nagekomen. Gebogen, maar niet gebroken, kan zij zich eindelijk naar een rooskleurigere toekomst richten.