Toen Atef een paar maanden nadien op 2 augustus 1968 nietsvermoedend naar Amman trok om zich te informeren over de universiteit werd hij door de grenswacht aangehouden aan de Allebaybrug en overgedragen aan de Israelische geheime dienst Shin Beit. Zijn handen werden achter zijn rug vastgebonden en zijn ogen met een zwart doek bedekt. Zo werd hij naar de centrale gevangenis in Nablus gebracht voor ondervraging. Zonder advocaat, zonder zijn familie.Vier andere schoolkameraden werden aangehouden en Atef werd beschouwd als de aanvoerder van de groep.

Na zestig dagen voorhechtenis kwam er een proces voor een militaire rechtbank op basis van de uitzonderingswetgeving van 1948, de tijd van het Britse mandaat. Atef werd gratis verdedigd door de  bekende advocaat Hannah Naqqarah. De advocaat vond het een geval van onschuldig pubergedrag en geen echt verzet met de bedoeling aanslagen te plegen op het Israelisch leger.In zijn pleidooi vergeleek hij de beschuldigingen met een onschuldig spelletje met lucifers door kwajongens.De aanklager eiste tot ieders verbazing niet minder dan 10 jaar effectieve gevangenisstraf. Atef werd veroordeeld tot 10 jaar effectieve gevangenisstraf, zijn vrienden Sabri tot 10 jaar, Sami 5 jaar en Loai tot 1 jaar. 

Atef's moeder was geschokt en slingerde de rechters allerlei verwijten naar het hoofd. Het mocht niet baten, Atef vertrok voor 10 lange jaren naar de duisternis van verschillende Israelische gevangenissen.