De Armada de Moluccas verliet Sanlucar de Barrameda op 20 september 1519 en bestond uit vijf schepen: het vlaggenschip de Trinidad, de San Antonio, de Concepción, de Victoria en de Santiago.
De Trinidad was een karveel, de anderen kraken.
De grootte van deze schepen varieerde van 75 tot 110 ton.
Onder de 237 manschappen bevond zich de jonge Italiaan Antonio Pigafetta, wiens verslag de belangrijkste bron voor de reis vormt.
De expeditie werd vanaf de start geplaagd door wantrouwen tussen de Portugese kapitein-generaal en zijn Spaanse kapiteins.

Uit - achteraf gegrond gebleken - angst voor onderschepping door een Portugese vloot koos Magellaan voor een zuidelijke koers richting Kaapverdische Eilanden. Daarna zette hij koers naar Brazilië, waar hij in december 1519 enkele weken bivakkeerde in Rio de Janeiro. De expeditie bereikte de Rio de la Plata op 10 januari 1520, maar vond hier geen doorgang. Verder naar het zuiden belandde de vloot in terra incognita. Geteisterd door stormen aan de kust van Patagonië overwinterde de vloot zes maanden in de baai van San Julián. Magellaan bedwong daar op 2 april een muiterij van drie schepen. Hij blokkeerde met twee schepen de uitgang van de baai en overmeesterde de muitende schepen één voor één. Enkele muiters werden geëxecuteerd en twee mannen werden bij vertrek achtergelaten. Aan het einde van de zuidelijke winter kwam de Santiago op een verkenningstocht in een plotselinge storm terecht en verging op de kust. De bemanning wist echter over land San Julián te bereiken. De vloot hervatte op 17 oktober de speurtocht naar de doorgang.

Voor een uitgebreider artikel ga naar Ferdinand Magellaan