De bonte muskaatduif komt voor in regenwouden, eucalyptus bossen, struikgewas aan de kust, kreeken, rivieren, mangroven en kleine eilanden voor de kust.
Muskaatduiven plukken vruchten van de bomen.
Het opvallende aan deze vogels is, dat ze relatief zeer grote vruchten met flinke pitten in hun geheel doorslikken.
Men heeft in hun spijsverteringskanaal vruchten met pitten van 30 x 50mm gevonden.
Onder andere muskaatnoten worden door deze duiven gegeten. Vandaar hun naam.
De rommelige gebouwde nesten van deze vogelsoort zijn te vinden in de bomen op zo'n 10 tot 25 meter hoogte.
De bonte muskaatduif legt één enkel ei dat wordt uitgebroed in zo'n 23 tot 25 dagen.
Het jong vliegt na nog eens drie weken uit.